У другому сезоні головні герої опиняються розділеними після нападу землян. Кларк та її друзі потрапляють у гору Везер, приховану цитадель, де живуть уцілілі нащадки людей, які пережили катастрофу. Спочатку це здається порятунком, але незабаром вони дізнаються, що мешканці гори використовують кров землян для виживання. Кларк розуміє, що її друзям загрожує небезпека, і намагається знайти вихід.
Тим часом Белламі, Октавія та група тих, хто залишився назовні, шукають спосіб врятувати полонених. Кейн та Абігайл борються за владу серед новоприбулих з Ковчега, тоді як Джаха здійснює ризиковану подорож. Альянс із землянами стає єдиним шансом на перемогу, але вимоги Лекси ставлять Кларк перед моральною дилемою. Кульмінацією сезону стає жорстке рішення Кларк, яке змінює її назавжди.