У третьому сезоні Коул і Кассандра продовжують боротьбу проти Армії 12 Мавп, намагаючись запобігти кінцю світу. Після подій другого сезону вони дізнаються, що ключ до зупинки Чуми знаходиться в таємничій фігурі на ім'я Свідок. Виявляється, що Свідок — це їхній власний син, якого викрали та виховали для здійснення апокаліпсису.
Коул і Кассандра подорожують у різні часові відрізки, від середньовічної Англії до далекого майбутнього, намагаючись змінити долю своєї дитини. Їхні союзники, Дженніфер та Дікон, шукають способи протистояти могутньому Ордену. Тим часом Катаріна Джонс змушена зробити складний вибір, коли минуле і майбутнє стикаються у смертельній боротьбі.
Сезон заглиблюється в тему долі, жертви та наслідків вибору, готуючи ґрунт для фінального протистояння між героями та ворогами в битві за виживання людства.